飞控系统又称飞行控制系统，通过高效的控制算法内核，能够精准地感应并计算出飞行器的飞行姿态等数据，再通过主控制单元实现精准定位悬停和自主平稳飞行。
在没有飞行控制系统的情况下，有很多的专业飞手经过长期艰苦的练习，也能控制飞行器非常平稳地飞行，但是，这个难度和要求特别高，同时需要非常丰富的实战经验。
如果没有飞行控制系统，飞手需要时时刻刻关注飞行器的动向，眼睛完全不可能离开飞行器，时时刻刻处于高度紧张的工作状态。而且，人眼的有效视距是非常有限的，即使能稳定地控制飞行，但是控制的精度也很可能满足不了航拍的需求，控制距离越远，控制精度越差。还有，对于不同的拍摄需求，以及面临不同的拍摄环境或条件，人为飞行控制更是难上加难，甚至根本不可能实现。飞行控制系统是目前实现多旋翼无人飞行器简单操控和精准飞行的必备条件。
飞行控制系统一般主要由主控单元、IMU（惯性测量单元）、GPS指南针模块、LED指示灯模块、PMU（电源管理模块）、IOSD数据记忆模块等部件组成。IMU是角速度以及加速度传感器，对飞行器的运动姿态进行侦测并反馈给主控。磁罗盘（指南针）是飞行器方向传感器，对飞行器的方向位置进行侦测并反馈给主控。主控正是在获得角速度、加速度、方向等姿态信息后，才能够对数据进行分析并最终保持了自身的平衡。而GPS是全球定位系统，能够确定飞行器所处的经纬度，最终保障飞行器能够实现定点悬停以及自动航线飞行。
